反復自然流產的病因十分復雜，除染色體異常、內分泌失調、生殖系統結構畸形和感染以外，約有60%～70%患者原因不明。

近來研究認為，免疫因素也是一類重要原因，在原因不明的患者中，約有30%的患者與自身抗體產生有關，即可能為自身免疫病，稱為自身免疫性反復自然流產。

另外，約70%的患者可能與對胎兒父系抗原低反應性有關，稱為同種免疫性反復自然流產。近年，醫學界對反復自然流產免疫學因素的研究工作取得了較大進展。

胚胎可看作是具有父方50%遺傳物質的同種自然移植物，具有同種異體移植及自體移植的雙重特性。胎兒及其附屬物不被母體排斥并可在子宮內發育成熟，母體必須形成免疫耐受。

正常妊娠期，母體免疫功能發生變化，形成主要由特異性免疫抑制物（封閉抗體、抑制性T細胞）與非特異性因子（雌孕激素、人絨毛膜促性腺激素、人胎盤催乳素、促合成代謝因子、妊娠相關血漿蛋白等）共同組成的免疫維持系統。各種免疫學因素通過有機協調參與維持妊娠。若母體免疫平衡失調，排斥作用增強，則可能引起流產。