不少婦女尤其是未婚婦女，往往存在一種錯誤認識，以為藥物流產宛如月經來潮一般，不會影響健康，以致不重視采取有效的避孕措施;一旦發現懷孕便要求藥物流產，有的一年內做二三次，他們還不知道藥物流產也會有些副作用。

現在所應用的藥物流產藥米非司酮其藥量僅為最初所用藥量的1/4～1/3，因而副作用并不明顯，主要為加重早孕反應、乏力等。前列腺素副作用以胃腸道反應為主，如惡心、嘔吐、腹瀉及由于子宮收縮可產生下腹痛，個別人有發熱、頭暈、皮膚潮紅及發麻等癥狀。為預防或治療胃腸道副作用，可在用藥前后服用復方苯乙呢陡或胃復安，腹痛嚴重者可予以杜冷丁或阿托品類鎮痛解痛藥。但要避免使用對抗前列腺素的消炎痛、氟滅酸或水楊酸類制劑。

藥物流產時雖已排出絨毛胎囊，但子宮內的蛻膜組織則是慢慢排出的，故出血時間較長，平均18～20日。部分婦女會因出血多、時間長而導致貧血或并發子宮內膜炎、盆腔炎等。因此，藥物流產必須到具有急診刮宮手術和輸液等的醫療機構，在專門培訓的醫生篩選指導下應用，并按規定服藥、觀察、隨診，以便及時發現問題，及時處理。 極個別孕婦出現大出血、腹痛、發熱等意外情況時，應急赴給藥的醫療機構就診。

即使藥物流產成功，一切正常的婦女，流產后也要采取有效的避孕措施。臨床上已發現，不少婦女藥物流產后尚未來月經，或短期內未采用避孕措施又妊娠的情況。事實上，無論是人工流產或藥物流產，對孕婦的身體健康和心理都有一定影響，故以少做為好。

藥流排出妊娠物后一個月左右月經復潮;如果超過一周未排出妊娠物，或雖已排出妊娠物但陰道流血過多、兩周后仍未止血者應到醫院復診及做B超檢查，醫生根據病情不同予以清宮、抗感染、宮縮劑及止血藥等處理。